Η Μονάδα Καινοτομίας και Επιχειρηματικότητας του Πανεπιστημίου Αιγαίου σκοπό έχει την καλλιέργεια επιχειρηματικής νοοτροπίας και κουλτούρας και την ανάδειξη της καινοτομίας και επιχειρηματικότητας ως σημαντικής προοπτικής απασχόλησης μέσα από την ανάπτυξη βασικών δεξιοτήτων για την ανάληψη επιχειρηματικής πρωτοβουλίας και την ενίσχυση της συνεργασίας μεταξύ της ακαδημαϊκής κοινότητας και των παραγωγικών φορέων.
Η Μονάδα για την επίτευξη των στόχων της συνδυάζει δραστηριότητες που προάγουν:
Παράλληλα, η ίδια η ΜΚΕ προβλέπει:
Σε επίπεδο λειτουργίας η ΜΚΕ υποστηρίζεται από:
Την «Επιτροπή Προώθησης της Επιχειρηματικότητας του Πανεπιστημίου Αιγαίου» η οποία έχει συγκροτηθεί με την από 11/1-11-2011 απόφαση της Συγκλήτου και αποτελεί εξέλιξη της «Επιτροπής Σύνδεσης με τις επιχειρήσεις» που λειτουργεί στη Σχολή Επιστημών της Διοίκησης από το 1987. Η συγκρότηση της Επιτροπής προβλέπει την προεδρία από τον Ιδρυματικό Υπεύθυνο της ΜΚΕ, ένα μέλος ΔΕΠ ανά Σχολή και την συμμετοχή εκπροσώπων από φορείς όπως είναι η ΓΣΣΕ, η Ένωση Ελληνικών Τραπεζών, η Ένωση Ελληνικών Βιομηχανιών, ο Σύνδεσμος Ελλήνων Εφοπλιστών, της ΠΑΣΕΓΕΣ, της ΓΣΕΒΕΕ, των Επιμελητηρίων κ.α., εκπροσώπους των φοιτητών και μεταπτυχιακών φοιτητών. Αποτελεί Επιτροπή Στρατηγικής και αφορά το σχεδιασμό πολιτικών και έργων ώστε να εξασφαλίζεται η συνεργασία και η διασύνδεση του Πανεπιστημίου με τον Επιχειρηματικό κόσμο.